随后，李鸿章以雷霆手段出手。他以两淮盐运使、江苏巡抚的身份，向朝廷呈上措辞严厉的奏折，详列杨坊贪墨渎职、媚外误国等数大罪状，附以确凿证据。奏折中特别强调杨坊等人“侵蚀饷需，贻误戎机”，将其行为上升到影响剿匪大局的高度。

随后，他不等朝廷批复，便以“事急从权”为由，直接下令免去杨坊苏松粮储道等一切职务，并将其拘押待参！同时被牵连罢免的还有杨坊的几个核心党羽和一批劣迹昭彰的买办型官吏。

杨坊被免职拘押后，李鸿章立刻派人查抄其家产，所得巨额赃款充作军饷。此举如同在滚油中泼入冷水，瞬间震慑了整个上海官场。那些原本观望甚至蠢蠢欲动的人，无不胆寒。

罢黜杨坊，是李鸿章在上海立威的关键一步。此举肃清了内部最大掣肘，搬掉了阻碍政令、侵蚀饷源的大石头；树立了自身权威，明确了“务实、廉洁、高效”的为官标准；将漕运、厘金等关键财权逐步收归自己信任的人掌控。并向洋人展示了主权，表明他李鸿章才是上海的主事者，洋人需要与之直接打交道，而非通过买办。

清理了旧势力，李鸿章急需搭建一套完全忠于自己、且能应对上海复杂局面的行政班底和幕府。他摒弃了湘军幕府中过于注重理学、清谈的旧习，确立了“务实、干练、通晓洋务” 的用人新标准。

他大力起用和招揽了郭嵩焘、丁日昌、冯桂芬、刘秉璋、周馥等一批杰出人才。

郭嵩焘曾任曾国藩幕僚，是一这学识渊博、思想开明的湘军旧识，被李鸿章视为心腹谋主和洋务智囊。李鸿章任命他负责重要的文案、奏章以及与洋人交涉的文牍工作，倚重其深邃的洞察力和开阔的国际视野。郭嵩焘对西方制度的推崇和对洋务的深刻理解，深深影响了李鸿章。

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丁日昌以干练、务实、精通吏治和洋务着称，被李鸿章委以重任，先负责厘金、制造等具体事务，后成为其整顿吏治、兴办洋务的得力臂膀。丁日昌雷厉风行，善于解决实际问题，是典型的“技术官僚”型人才。

冯桂芬是着名思想家，较早提出“中体西用”思想，被李鸿章聘为高级顾问，其着作《校邠庐抗议》中关于学习西方的主张，为李鸿章提供了重要的理论支撑。

刘秉璋、周馥作为早期追随李鸿章的亲信幕僚，继续担任核心职务，负责军务协调、后勤保障等。

此外，李鸿章还积极吸纳或培养了一批通晓外语、了解西方技术和商务的专门人才，如陈钦、马建忠等，处理具体的对外交涉、合同谈判、技术引进等。

这些人围绕在李鸿章周围，组成了与湘军幕府风格迥异的“淮系幕府”。它更注重实际行政能力、对外交涉技巧和对新事物的接纳程度，充满了浓厚的实用主义和洋务色彩，成为李鸿章治理上海、推行洋务的核心智囊团和执行机构。